Klinika Neurologii Dziecięcej WUM powstała 1 czerwca 2015 roku na bazie 13-łóżkowego Oddziału Neurologii Samodzielnego Publicznego Dziecięcego Szpitala Klinicznego. Pierwszym Kierownikiem Kliniki był Prof. Sergiusz Jóźwiak.
Początkowo Klinika działała przy ulicy Litewskiej do czasu przeniesienia szpitala do nowoutworzonego Szpitala Dziecięcego WUM przy ul. Żwirki i Wigury 63a. Miało to miejsce w połowie listopada 2015 roku. Nastąpiła wyraźna poprawa warunków lokalowych, a liczba łóżek wzrosła do 15.

W marcu 2016 roku Klinika Neurologii WUM uzyskała akredytację do prowadzenia szkolenia specjalizacyjnego w neurologii dziecięcej.

Od października 2022 r. Kierownikiem Kliniki została dr hab. n. med. Krystyna Szymańska.